所謂體系整合，就是企業(yè)將質量、環(huán)境和職業(yè)健康安全等管理體系的建立和運行有機結合。有機結合不是簡單疊加，而是在三個體系標準要求的框架內，通過高效的接口處理，提高體系運行效率，達到事半功倍的目的。因此，體系整合的實質是在三個標準的框架內實施管理流程再造，注重的是內涵而非外在形式。
    在QMS、EMS、OHSMS三個管理體系整合過程中，文件整合是非常重要的以部分。而文件整合主要包括管理手冊、程序文件、作業(yè)指導書三個層次的整合。

1、關于管理手冊
    管理手冊的主要內容是描述有關標準要求和組織機構與職責劃分，由于ISO9001-2000標準的結構形式和條款編號，與ISO14001-1996標準和OHSAS-18001標準的結構形式和條款編號相差很遠，因此，要編寫三個管理體系統(tǒng)一的管理手冊有一定的困難。與些相反，環(huán)境和職業(yè)健康安全管理體系的標準無論結構、形式、條款名稱、要素編號都非常相似，完全有可能進行整合編寫，故組織通常更容易將“環(huán)境和安全管理手冊”合并為一冊，而另冊編寫其“質量手冊”。
    如果組織希望將三個管理體系的手冊合并，則通常要以ISO9001-2000版標準為基本模式，按照PDCA循環(huán)的規(guī)律和標準各個條款的功能，插入環(huán)境和職業(yè)健康安全管理體系標準的相應要求。但是，這樣做一定要避免在“三合一”管理手冊的描述中缺失有關ISO14001和OHSAS18001標準的有關要求。

2、關于程序文件
    與ISO9000-1994族質量管理體系標準相比，ISO9001-2000版標準更容易與環(huán)境和職業(yè)健康安全管理體系進行程序文件的整合。由于經過修訂的2000版質量管理體系標準，比原有1994版標準更加強調PDCA循環(huán)，而其明確規(guī)定需要編寫程序文件的條款已經減少到了6個，使不同性質的組織的質量管理具有更加廣闊的自主空間，也為與環(huán)境和職業(yè)健康安全管理體系的兼容提供了更大的可能性。
    根據質量、環(huán)境、職業(yè)健康安全管理體系三個標準的要求，可以考慮編寫一套“質量、環(huán)境、職業(yè)健康安全管理程序文件”——管理體系程序文件。也就是將三個標準中規(guī)定需要建立程序文件的條款進行整合（大約有11個條款），編寫出一套“三合一”程序文件。其中環(huán)境與職業(yè)健康安全管理體系的大部分要素（約75%）可以合寫一個程序文件，包括：法律與其他要求（4.3.2）、目標（指標）和管理方案（4.3.3和4.3.4）、培訓、意識與能力（4.4.2）、協(xié)商與溝通（4.4.3）、文件和資料控制（4.4.5）、運行控制（4.4.6）、應急準備與響應（4.4.7）、記錄和記錄管理（4.5.3）、審核(4.5.4)等。不太適宜合并編寫的要素主要是：環(huán)境因素與危險源辯識、風險評價和風險控制策劃 （4.3.1）;監(jiān)測與績效測量與監(jiān)視（4.5.1）；不符合、糾正與預防措施和事故、事件、不符合糾正和預防措施（4.5.2）三個要素。由于運行控制（4.4.6）和應急準備與響應（4.4.7）本身又是由多個程序文件組成的，基本上有30%的內容可以合寫，因此，環(huán)境與職業(yè)健康安全管理體系的程序文件合寫比例在50%左右。
    通常質量管理體系的文件控制（4.2.3）與上述文件和資料控制（4.4.5）、記錄控制（4.2.4）與上述記錄和記錄管理（4.5.3）、質量目標（5.4.1）與上述目標（指標）和管理方案（4.3.3和4.3.4）、內部溝通（5.5.3）與上述協(xié)商與溝通（4.4.3）、人力資源（6.2）與上述培訓、意識與能力（4.4.2）、內部審核（8.2.2）與上述審核（4.5.4）、糾正措施（8.5.2）、預防措施（8.5.3）與上述不符合、糾正與預防措施（4.5.2）8個條款，或者說質量管理體系中6個需要程序文件的條款，有5個可以與環(huán)境和職業(yè)健康安全管理體系的程序文件整合編寫。此外，一些質量管理體系涉及的現場管理要求也可以與環(huán)境、健康、安全的現場管理要求合并，例如：對于材料和化學品的儲存、堆放和標識管理，對于供方和承包方的調查、評價和選擇管理，對于設備和設施的管理，對于儀器和儀表的校準和維護管理，對于組織設計和過程更改的管理等等。因此，應該結合本組織的實際情況，充分考慮可行性和可操作性，在組織已有的質量管理慣例的基礎上，最大限度地兼容環(huán)境和職業(yè)健康安全管理要求。

     3、關于第三層次文件
    對于第三層次文件即組織的“作業(yè)指導書”或“操作規(guī)程”來說，由于不受必須按照要素進行描述的約束，因此完全可以將兩個或三個管理體系的現場操作文件按照崗位的需要進行合并編寫，從而大大減少了文件管理的工作量，也方便了作業(yè)現場的使用。